黨群部門
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行政部門
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| 后勤保障部 | 審計處 | 國有資產與實驗室管理處 | 產業管理處 |
直屬單位
| 圖書館 | 檔案館 | 期刊社 | 招標采購中心 |
| 教育技術與教學資源中心 | 信息化辦公室（網絡中心） | 分析測試中心 | 博物館 |
| 校友工作辦公室 | 醫療保險管理辦公室 | 校醫院 | 心理健康教育中心 |
| 教學督導與評估辦公室 | 繼續教育學院 | 國際交流學院 | 資產經營有限責任公司 |
| 科技園 | 創新創業學院 |
附屬單位
| 后勤服務集團 | 附屬學校 | 第一附屬醫院 | 第二附屬醫院 |
| 第四附屬醫院 | 附屬口腔醫院 | 附屬眼科醫院 | 江西省醫學科學院 |
校有產業
| 南昌客車廠 | 江南電子儀器廠 | 江西電子儀器廠 | 江南化工廠 |
| 江西昌大技工學校 | 江西第三機床廠 |
其他機構
| 海軍駐南昌大學選拔培養辦公室 | 人民武裝學院 |