黨群部門
| 黨政辦公室 | 校紀委 | 機關黨工委 | 黨委組織部（黨校） |
| 黨委宣傳部（新聞中心、電視臺） | 黨委統戰部 | 保衛部 | 學生工作委員會辦公室 |
| 黨委研究生工作部 | 離退休工作處 | 人民武裝部 | 工會 |
| 團委 |
行政部門
| 黨政辦公室 | 發展規劃與學科建設處 | 人事處 | 計劃財務處 |
| 教務處 | 研究生院 | 科學技術處 | 社會科學處 |
| 學生工作處 | 招生與就業工作處 | 國際事務部（港澳臺事務辦公室） | 保衛處 |
| 后勤保障部 | 審計處 | 國有資產與實驗室管理處 | 產業管理處 |
直屬單位
| 圖書館 | 檔案館 | 期刊社 | 招標采購中心 |
| 教育技術與教學資源中心 | 信息化辦公室（網絡中心） | 分析測試中心 | 博物館 |
| 校友工作辦公室 | 醫療保險管理辦公室 | 校醫院 | 心理健康教育中心 |
| 教學督導與評估辦公室 | 繼續教育學院 | 國際交流學院 | 資產經營有限責任公司 |
| 科技園 | 創新創業學院 |
附屬單位
| 后勤服務集團 | 附屬中學 | 附屬小學 | 第一附屬醫院 |
| 第二附屬醫院 | 第四附屬醫院 | 附屬口腔醫院 | 附屬眼科醫院 |
| 江西省醫學科學院 |
校有產業
| 南昌客車廠 | 江南電子儀器廠 | 江西電子儀器廠 | 江南化工廠 |
| 江西昌大技工學校 | 江西第三機床廠 |
其他機構
| 海軍駐南昌大學選拔培養辦公室 | 人民武裝學院 |